真空泵系统是由二台或二台以上的真空泵及其他附件组合一个系统完成需要的达到真空度的目的就叫真空泵系统，真空泵系统设计的关键问题是选择真空抽气机组的主泵。

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(1)根据真空室所需要建立的极限压力确定主泵的类型，一般主泵极限压力的选取要比真空室的极限压力低半个到一个数量级。
(2)根据真空室进行工艺生产时所需要的工作压力选主泵，应正确地选择主泵的工作点，在其工作压力范围内，应能排除真空室内工艺过程中产生的全部气体量，因此，真空室内的工作压力一定要在主泵的更佳抽速压力范围之内。
(3)根据真空室的容积大小和要求的抽气时间来选主泵，真空室体积大小对系统抽到极限真空的时间有影响，当抽气时间要求一定时，若真空室体积越大，则主泵抽速也越大。
(4)正确地组合真空泵，由于真空泵有选择性地抽气，因而有时选用一种泵不能满足抽气要求，需要几种泵组合起来，互相补充才能满足抽气要求。
(5)若真空系统严格要求无油时，则应该选各种无油泵作主泵，如果要求不严格，则可选择有油泵，然后加上一些防油污染措施，如加冷阱、障板、挡油阱等，也能达到清洁真空要求。
(6)选择真空泵时，应该知道被抽气体成分，针对被抽气体成分选择相应的泵，如果气体中含有腐蚀性气体、颗粒灰尘等，则应该考虑选择干式真空泵、耐腐蚀真空泵等或在泵的进气口管道上安装辅助设备。
(7)根据整套真空系统的初次投资和日常维护费用等经济指标选择主泵。